西黄寺座落于北京中轴路中段西侧黄寺大街路北，始建于公元1651年（清顺治八年），是清世祖顺治皇帝为接待进京朝觐的第五世达赖喇嘛而修建的，俗称“达赖庙”，此后逐渐成为达赖喇嘛和班禅额尔德尼所派贡使的居住地。
因东有东黄寺（顺治八年修建，已不存），清代习惯称两者为“双黄寺"。清初以达赖喇嘛综理黄教（指藏传佛教格鲁派），进而修建了这两座寺庙为驻锡之所，故庙以“黄寺”命名，是北京地区著名的藏传佛教寺院，现仅存西黄寺的清净化城塔院。
清乾隆四十五年六月（公元1780年），第六世班禅大师为祝乾隆皇帝七十寿辰，从后藏前往承德避暑山庄，并在祝寿活动后，随皇帝一道回京，驻西黄寺。
为欢迎远客来访，西黄寺内添建牌坊一座，并于雍和宫内修建班禅楼、戒坛楼，供其讲经与休息之用。同年十一月六世班禅身染天花，圆寂于寺中，朝野震惊。
乾隆四十六年（1781年）乾隆帝下旨于西黄寺西侧修建清净化城塔及塔院，将班禅之衣履经咒等物置与塔中，以志殊胜因缘。
清净化城塔，亦称“西皇寺塔”，为北京现存四座金刚宝座塔之一，是清乾隆皇帝为纪念在西黄寺内圆寂的六世班禅所建之衣冠塔，故又称“班禅塔”。
该塔精巧地融合了印、藏、汉三种建筑艺术风格，为国内金刚宝座塔中的精品。
“清净化成”为佛教术语。通俗而言，远离恶行的过失，远离烦恼的污染，称为“清净”。
清净化城塔院为三进院落，采坐北朝南、中轴线对称布局，占地面积约1.9万平方米
清代东、西黄寺建筑规模宏大，金碧辉煌。两寺规格极高，是仅次于雍和宫的藏传佛教寺庙，香火鼎盛一时。